mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGATTTACATTGTGAAACGG TTTTCACAATGTAAGTCATTC TTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGCATTTCACATATTCATATTGATGTTAATGAACCTAGGCATATATGGGAAATGCTAGAATGATTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAG TTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGCATTTCACATATTCATATTGATGTTAATGAACCTAGGCATATATGGGAAATGCTAGAATGATTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAGCAATTTTGAAAATACAAAGTACGCACCAACATATAGCAATGGACGGGACAAAATAGCGTTGATTACAGGCAGCCCGAAGGCAATGTGCAAAAAACAAATTAAGTACTCGATAAAATAGCTCTGATATTGTGTGCATGGAAACTAAACGGAACAACTAACAGTTAAAGTTCTACCTTATATATAGACTATTTTTCTACTATGCTCGGTTATACTTTGGGCCGGTCAAGTTATTTTTCTTAACTTTAATTTATCAAATTATTGCCACATATGCTCTATTAGACATTTAGCAAATATCTTTATTTAGTACCGTTAAACACATTGGTGTGGTCCTTAATTAATTAATGGGTGACACAGACATATATTTACCTAGAAAAGAGACATTTTACTGAGCTTGCATTGCTGGAATTTATCATTTAAGATGGCAAAGTAAAAGGCCTATTTAAATTAAAAAAAAGGAAATAAAATGCAATGGACCTGGTTTGCTTCCTAATCTGATAAATTAAGCTCAACTCTTGGTTTTGCATTTATAGTTGCATCATTCACCCTTCCATCACCAGATTTTTTAAGGAAACCTTCCATGATCACCTTTAATCTGCTATATATATAAGATAGCCATGTTAATTTCCCAGATTGTGCAGAAGCACTGCATGTACTTCTGGTAAACAAAAATAAAGCGAC 3 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR1122 8e-30 osa-MIR809d 6e-21 -43.6 .(((((((((((((((((((((((((((((.(((((.....(((..(((....))).)))....))))).)))))))))))))))))))))))))))))............ (-43.6)