mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAAGGTAGAGAAATTGATGTTGTC CTTCAGTTTCATTGCCTTTCAA TCTACAACTACCTCGATGGGGCGCTCAGGCTATAAGGTAGAGAAATTGATGTTGTCTACACTATTCAGACTTCAGTTTCATTGCCTTTCAATTTGTTTGCCCCCCTGCAACAGTGATAGT 4 3 5' arm Drosophila_simulans mirbase 100 dme-mir-962 9e-39 -35.5 .(((..(((....((..((((((..((((....(((((((.((((((((....((((.........)))).)))))))).)))))))....))))..))))))..))....)))..))). (-35.50)