mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGACCATCAGCAAACA TTTTGTTGGTGGTCATTTAACC GCTCCGAACCTGTTTTGTTGGTGGTCATTTAACCATGCATGCTTCGATCGATGGATTGGTGCATGCATGGATTATTGCATAGTGTGATGCATGTGGCGCATCAGTGCATGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCTTGA ATCAGGTAGGCGCGGCGCGGACCGCAACACGCCAGCTTTCTTGCTCTTGTCTCTAAGCAGCAGCAGCTTCCTGTCTCTCCAGCCACCATTCCATTCTCGCTCCTTGGTAATGAGGCTGGCTAGCCAGCTAATGCAGCTCCGAACCTGTTTTGTTGGTGGTCATTTAACCATGCATGCTTCGATCGATGGATTGGTGCATGCATGGATTATTGCATAGTGTGATGCATGTGGCGCATCAGTGCATGGTTAGATGACCATCAGCAAACATGTTCTTGAGGCATGCAAGTTCTCTAGCTACACATATCAGAGATCGATCACCACTGCGGCGCCATGGCTACTTAATTGAAATGGAGGTTTGCATTTCTCCGAACCCGGATGTCGTGATTCTGCTTCCGTTCTTGATCCAGGATCTTCCGGTCTTGTTCCCACCATTACTTTCCTTAGGAAACTGGAATGGTTTCAACCTTAATTTGTTTATGTGTGTGTGCACATGCAGCGTGTGTTTCATATGGAGATCGGTGCACTCACCTTGAAGCTTTAGCTTGCATCCCCTT 0 1 3' arm Zea_mays mirnest 100 zma-MIR827 6e-65 -58.6 .....((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((....)))))).))(((((........)))))....((((((.......))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))).... (-58.6)