mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCTGCCTTGTGAAGGGCTT GTTTTTCATTTGGCGTGGCTAGC AAGTTGATTGTATGTCAGTTTTTCATTTGGCGTGGCTAGCTCACTACTTTTTTAATATTGCTAGCTGCCTTGTGAAGGGCTTACGTGTAATTGCAGTTCAACT 3 2 3' arm Drosophila_simulans mirbase 100 dme-mir-980 3e-41 -35.51 .((((((((((((((.((((((((((..(((..(((((((...................))))))))))..)))))))))).))))......)))).)))))) (-35.51)