mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGAGACTGCCTACG TAGGCAAGTCATCCTTGGCTATC TCTCGATTGAGCCTAGCATGAGCAATAGGGGCCACTCAGGCTAGCCAAGGAGACTGCCTACGAACCAACACAAAGGTCCACAATTCTGATCCTTTGTAAACAAAGGACATAGGCAAGTCATCCTTGGCTATCAGAGGCAGGCCCTTATTGACATGTAAGGCTTCTGCTCT GTAAAATAGATTTGCTTGCACCCGCACATTCCGGGCGCAGCCGTGCAGCCAACCAATCAGAAATGCAGGCGCAGTCAACACTCGTGAGGAGCCTAGGCGTTGAGAGCTGGGCAACCAATCACACGGTAATTGTATGCACCCATGCACAGGTCGAGGAGGCTCCTGTGTCTAATTGTGTGCAGCAAGTCAAAGAGTCTCGATTGAGCCTAGCATGAGCAATAGGGGCCACTCAGGCTAGCCAAGGAGACTGCCTACGAACCAACACAAAGGTCCACAATTCTGATCCTTTGTAAACAAAGGACATAGGCAAGTCATCCTTGGCTATCAGAGGCAGGCCCTTATTGACATGTAAGGCTTCTGCTCTGCTTGTCACCTCTAGCTAGCTTGGTAGCTTCTGTGACTGGTCTGTTGTGCTCCTTCCATGGAACATCTATTTATACATGTATCTCGTAGAGAGAACCGTATCATTTTTTCCTTTTTTTTGTTGTTGTTCCAGGACATCTTATTCTCTAATTGGATAGCAGCATATATTCTAAAAAAG 2 2 5' arm Zea_mays mirnest MIR169_5 6e-44 zma-MIR169h 2e-68 -66.7 ........((((((.(((((..(((((((((((.(((.((.(((((((((((((((((((....((...(((((((..((......))..))))))).......))...))))).)))).)))))))))))).)))...))))))))))).))))).))))))....... (-66.7)