mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCCTTGTTGCAAACCTCACGC GTGTGATTTGTAGCAAAGTGAT GATGGCGGTACCGGGCATTTTGGGTGTGTGATTTGTAGCAAAGTGATATGTATTTGATCATCCCCTTGTTGCAAACCTCACGCCAAAGATGATCTGAGAAATACACAGTGAT 6 0 3' arm Drosophila_simulans mirbase mir-988 6e-46 dme-mir-988 9e-48 -32 .((.((.((((((((((((((.((((((.(.((((((((((.(((((.........)))))....)))))))))).).)))))).)))))).)))).)...)))...)).)) (-32.00)