mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAAAGTTGAAGTTTGGAAAAT TTTCCCAACTACATCTATTAATA GGGTATATCAAAAATATCACTGCAGTTTCAGGCTTTTCCCAACTACATCTATTAATATTTATTTTAACGTCGTATTAAAGTTGAAGTTTGGAAAATTTTGGTTTTGCATTTGAAATCC 4 1 3' arm Drosophila_simulans mirbase 100 dme-mir-991 3e-35 -25.22 ((((...(((((........(((((..(((((.((((((.((((.((.((.(((((((.............))))))))).)).)))).)))))).)))))..)))))))))).)))) (-25.22)