mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAAGCTCGTCTCTACAGGTATCT CTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTG CTCCCGTGACCTACCCTGTAGTTCCGGGCTTTTGTTTAAATGGCGTTCGGCGCATTGTCGGATTGCTGGCTCGATTATCAGAAGCTCGTCTCTACAGGTATCTCACAGGGTAGA 5 1 3' arm Drosophila_simulans mirbase 100 dme-mir-993 2e-55 -44.39 (((((((((..((((.(((((...((((((((((......(((((((((((.....)))))).)))))..........))))))))))...)))))))))..)))).))).)). (-44.39)