mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTAAGGGTGCGGGTCCGGGA TTGGATTCTGCCTGGAATT GGTTCGGTTTATCCGGTCCGGTTTGGATTCTGCCTGGAATTGGGTTTAAGGGTGCGGGTCCGGGATGGATACTGAAACTGAATC GAACAATTAGTGGCAACAGCGCATTTACATTGACAACAGGAACAACAATAAGAAAGAGGTGCATTACAGAGGAGTTAGAAAGAGGCCTTGGGGCCGATACGCTGCCGAGATAAGAGACCCCGGGAAGAAGAGCCGCGTGTGGCTTGGCACCTTCGATACCGCTGAGGAAGCCGCCAGGGCTTACGACGCCGCGGCGCGTGAGTTTCGCGGCTCGAAGGCCAAAACGAACTTCCCTTTACCCAGCGAAATCGTGGCCATCAACAAGAATAGCAACAACCAGCAGAGCCCGAGCCAGAGCAGTACCGTGGAGTCCTCGTCCAGCCCTCCGCCGATGGAGCCCAACGTAGAGCGTGAGGTCACGCGCCACGTGGGTTGTTTTGGCAGTGGAAACGGACTGGTGGGTCGGTTTCCGTTTGTGTATCATCAGCCGGGAGTGGTGGCGTTGGGAGGTGGGTGCGTGACCGGGGCGGCTCCTCCTGTTTTGTTTCTCAACGGGTTTGGGGGATCCAACTTGATGGGTTCGGTTTATCCGGTCCGGTTTGGATTCTGCCTGGAATTGGGTTTAAGGGTGCGGGTCCGGGATGGATACTGAAACTGAATCATCCTCGGTTGCAGCCGTTTGATTGTAAACCCCAGCAGGGGTCCTTACCCCCGATCTTTATCTGGCCCCCCCAGTGGTTGACAACATGGGGCGGTCGATCACCGGGGAATTTTTTATACTTTACGGAGTGGAAGGGGAGTCGTAAGGGTTTTTGTTTTTTGTAACTATAATTTTTTTACACGGACAGCTTTTTTTGATCAGGGACTAGAAGGGGAGAAGAGACAGGCACGGTTCGGGACATATGCAGTCCATCAGACAACAGGACACCATTTTTAACCGGCTGATGTTATAATAGTTGGGAAAAAACGGGCCTTAGGA 2 2 3' arm Citrus_reticulata mirnest 100 100 -30.2 ((((((((((.....(((((.((((((((((((((.((((...))))..))))).))))))))).)))))....)))))))))) (-30.2)