mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTAACTGTAAGACTGTGTCT ACATAGTCGTACGGTGAATGTT GGATGCCGCTCAATTACCCCGACATAGTCGTACGGTGAATGTTGTGTATTGGAGACCAATGTTAACTGTAAGACTGTGTCTCGGTGGTTGCCAGCCCAGCC 3 0 3' arm Drosophila_simulans mirbase mir-999 6e-49 dme-mir-999 3e-50 -38.9 ((.((..(((((((((((..(((((((((.((((((.(((((((.((.......))))))))).)))))).)))))))))..))))))))..))).)).)) (-38.90)