mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATTGTCCTGTCACAGCAGTA CTGCTGGGTCGGGGCATTAACA CCGTGAAATCGGACGCTTGCCATTGATATTGTCCTGTCACAGCAGTATTGTTACACTATATTATAGTTTACTGCTGGGTCGGGGCATTAACATTGTTGAGCGTCATTAGCAACGAGCGGC 4 0 5' arm Drosophila_simulans mirbase 100 dme-mir-1000 2e-49 -43.37 ((((.......(((((((..((.((.((.(((((((.(.((((((((.......(((((...))))).)))))))).).))))))).)).)).))..)))))))...........)))). (-43.37)