mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCACATTTACATATTCACAG GTGGGTATCTGGATGTGGTTGG GCACTGAAGCTGCGCAGAAGGTGGGTATCTGGATGTGGTTGGCTCTGGCGGTCCTCTCACATTTACATATTCACAGGCGCCGTGAGCTGC 5 0 3' arm Drosophila_simulans mirbase 100 dme-mir-1003 9e-26 -31.7 (((((...((.((((.....((((((((.(((((((((..((..(....)..))..))))))))).))))))))..)))).)).)).))) (-31.70)