mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTGGAATCTTTAATTCGCAG GTGAGTTGATCGATTTCGAGT TTCACGGCCATGATGCCTACCATTCTGACCTGTGAGTTGATCGATTTCGAGTTTTTGGCCACAAATATAATCTGGAATCTTTAATTCGCAGTTCCCACCGAAATGTCAGTGTTCGTGAGG 1 2 3' arm Drosophila_simulans mirbase 100 dme-mir-1005 4e-19 -32.25 ((((((..((((((............((.(((((((((((..((((((((...((((....)))).....)).)))))).))))))))))).))..........)))).))..)))))). (-32.25)