mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAATTCGATTTCTTATTCATAG GGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAA GTCGACCCGGGTCAACTTCCAGGTGAGTTTGAAATTGAAATGCGTAAATTGTTTGGTACAATTTAAATTCGATTTCTTATTCATAGGTGCAATACCAGTTGAT 5 3 3' arm Drosophila_simulans mirbase 100 dme-mir-1006 2e-30 -29.8 ((((((...(((......((..((((((..(((((((((.....((((((((.....))))))))..)))))))))..)))))).))......))).)))))) (-29.80)