mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCACCTATCGTTCCATTTGCAG CAACGGGTAAGTGGTGTAGATGAAACA ACACATCCGTATTCGTGCTCAACGGGTAAGTGGTGTAGATGAAACAAATTTACCAACAATATTTTTGTTGGATTGTTTCACCTATCGTTCCATTTGCAGCTACGAGGACCTGGAACTGTT 2 9 3' arm Drosophila_simulans mirbase 100 dps-mir-1010 1e-34 -37.1 (((..((((..((((((((......((((((((.((((.((((((((.....(((((((.....))))))).)))))))).))))....))))))))))).)))))....))))..))). (-37.10)