mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCACA TGCTCACTTCTCTTTCTGTCAGC GCGGAGAGGCTCTCGAGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCGCGACGAACGACATAGCATGTATGCCGTCCTCGCCGCGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCAGCCTCTTTCTCTCGGTGGCT ACGGCGACGAGCGCTCACCGGATCCAAGAACAACGAAGCCCCCTCTATCTCTCTCTTTCTTGTTCTTCTGTCTTCATTCGTGCTTGGAGGGTTGGTTTGTCCCTCTTCGCTTTGGTGGTTCCGCAACTTCTGAACCCTGATTTTGTGTTGTCGCTGGTTAGACGACGACGACGACGACGACGGCGGCGTTTCTGTAGATGCGGAGAGGCTCTCGAGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCGCGACGAACGACATAGCATGTATGCCGTCCTCGCCGCGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCAGCCTCTTTCTCTCGGTGGCTTATCTCCCGTCTAGATCCGTTGTTAGTCTTAGTCTCTTAGTCTGGTGGGGGGCCGGGCAAAATCCGTGTTTGATTTCAATTCAATTAAAGGCTGCTTTGGTGTCCTAGTTGGTTTCGATTCAATTAGCCTGATTTGATGTCCAGGTTTGATTTCGATTCAACTGAACCGGTTTAATTTGATGGGGTTGTAGT 1 2 5' arm Zea_mays mirnest mir-156 1e-32 zma-MIR156d 8e-61 -57.7 .......((((.(((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((....((((...))))....))))..))))).)))))))).)))).)))))))))......)))))))).)))) (-57.7)