mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCACA TGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGT AGCTAGGTGGTGGCGGCCGGCTGGGTTTTCGTTCCGTGGCTAACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGGGCAGACTGCATCGATCGATCTGCATCCGAGACGGCGCACGTACGAATGATGATGCAGCTGCTGCTGCGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGTCCTCTAGCTGCTACGGCCTCTCTCCCGGCCTGCCACCACT GGTTGCAACTTGCAAGCAGATCTCAACTGGTGCGCGCGCACACACACGCACAGATCTGAGCCACGCGCACAGGCAGTACTGCCCCCTTTCTTCTCCAAGTCCGGCCGGCTGATCGGTCGTTATGTATATGAACGTGGTGGTGGGGTTCTTTTTATGGTGAGTGGTTTCGAGCTAGGTGGTGGCGGCCGGCTGGGTTTTCGTTCCGTGGCTAACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGGGCAGACTGCATCGATCGATCTGCATCCGAGACGGCGCACGTACGAATGATGATGCAGCTGCTGCTGCGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGTCCTCTAGCTGCTACGGCCTCTCTCCCGGCCTGCCACCACTATAACTTCACCTTGCCATGGTGGCCGGCCACTACTCTACTCTACTCTCTCTCTCTTTTTGCTGCATGCGTTGTTGCAACTCGAAGTTGCAGGCCGGTGAATGAATGAACGAACGGGTGGGTCAGCTGACTTTTACTGCGACGGGACAGCAGGGGTTCGCAGGGGAGGGATAGAGGAATGCAAAGATAAGGCCGGCCACCGATCGATTTGGGCGGGGTCTCGTCCTTATCTTGTACGACTGCGGCTGGACGGCCAGCCTCTCGCCGCCCGAGGAGCGGTGGTGCAGTCGGACCCGTTCTTTGGAGCAAGGCCGTGCGTGGTCTCGATCGGCTTCCCAAGGTCGAGGGAGAGGGGGGGACATGCCTCG 1 2 5' arm Zea_mays mirnest mir-156 2e-26 zma-MIR156a 1e-82 -103.1 .....(((((((((((((((..(((...((((...(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(((.((((((((.(((((.(((..(((...))).))).)).)))....))))))))))))))))).)))))))).))))).)))))))))....))))))).))))...)))..)))))).))))))))) (-103.1)