mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGTTGCCTCAAGCTT GCATGAGGCAGGAACTGCATT GGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAGCTCATTCCAATCTGATTCTCTAAACTTTGGAGGTCTCTTACACCTAGGCCTGAAAGCTCCTCTCCCATTAGTTGCCTACAACATTGGAAAAGAGTTTCTCACATTATCTTAGAATCCATTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTC CACAGCCCCTTGCTCATTGGCTAGGGCGGGGAAGGAAATTGCGGGAGGATGCGAAGCCATTGGTGTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAGCTCATTCCAATCTGATTCTCTAAACTTTGGAGGTCTCTTACACCTAGGCCTGAAAGCTCCTCTCCCATTAGTTGCCTACAACATTGGAAAAGAGTTTCTCACATTATCTTAGAATCCATTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTATCGGTAAAACAGGAAGTCCTAGAAAGGAAAATCGTGATTTGGACAGGAAATTCATCAACAAACCTGAGTCG 2 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR444 3e-127 ssp-MIR444b 1e-24 -86.1 ...((((.(((((.((((((((.((((((((.((((((((((((((((((((....((.((((..((((((........((((((.(((((.((..(((((((((..............))))..)))))......))...)))))..)))).)).......)))))).)))).)).......)))))))))))))))))))).)))))))).)))))))).))))).)))).. (-86.1)