mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTGAAAATCGTTTGCAC GCATAATGTTTGAAATTTTGCACACATT GTGCATAATGTTTGAAATTTTGCACACATTTACAATAATTGTAAATGTGTTGAAAATCGTTTGCACAA 2 7 3' arm Drosophila_virilis mirbase mir-287 1e-30 dmo-mir-287 2e-29 -20.3 (((((.((((......(((((..(((((((((((.....)))))))))))..)))))))))))))).. (-20.30)