mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCATGTCGATTTCATTTCATG TAATTAGCTGTGCA CAGCCGCGTCGTAATTAGCTGTGCACAACGTTGCTGGCGATAATTAATGACTTTGGTCACGTTGGTTTCATGTCGATTTCATTTCATGACACGGCCG 3 9 3' arm Drosophila_virilis mirbase mir-288 6e-49 dmo-mir-288 5e-43 -25.31 ..((((.((((((((..((((.((.((((((.((..(.(.((.....)).).)..)).))))))))..)).))..))).......))))).)))).. (-25.31)