mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGGCTTTCTTGCAAGTTG ACTTGCAAGAAAGTCACAAGT GGTGGCACCAAGCATTAGTCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAGTACACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAAATCCATTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTC ACAGCCCCTTGCTCATTGGCTAGGGCGGGGAAGGAAATTGCGGGAGGATGCGAAGCCATTGGTGTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATTAGTCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAGTACACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAAATCCATTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTATCGGTAAAACAGGAAGTACTGTCAGTTTCCGAGCTACAAACAAGCTATAAGTTTAGAAAAATAATTTAGAAATGTACAACAAAGTCTAGTAATACATTGCTAAAGATAAATCAATACTCAATAAGTTCCTCATGCTTTGGATTTTGGGATAACATACCTGTTTTATTTATATGCTAATATTTGGACCAACAAAAAATACCTTAGGAACAGCCATTTGAAAAAAAAC 1 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR444 1e-81 ssp-MIR444b 5e-41 -63.1 ...((((.(((((...((.(((.((((((((.((((((((((((((((((((((...((.((..(((((((.................))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))).))).))...))))).)))).. (-63.1)