mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGGCTTTCTTGCAAGTTG ACTTGCAAGAAAGTCACAAGC AGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAGCTCATTCCAATCTGATTCTCTAAACTTTGGAGGTCTCTTACACCTAGGCCTGAAAGCTCCTCTCCCATTAGTTGCCTACAACATTGGAAAAGAGTTTCTCACATTATCTTAGAATCCATTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGC ACGATCCTTCTAGACACTTCGACGCGCCCGTTATAAAGGCCGGCGCATCCGGGCCATGACCACACAGCCCCTTGGCTCATTGGCTAGGGCGGGGAAGGAAATTGCGGGAGGATGCGAAYCCATTGGTGTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTACTTGCAAGAAAGTCACAAGCTCATTCCAATCTGATTCTCTAAACTTTGGAGGTCTCTTACACCTAGGCCTGAAAGCTCCTCTCCCATTAGTTGCCTACAACATTGGAAAAGAGTTTCTCACATTATCTTAGAATCCATTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTATCGGTAAAACAGGAAGTACTGTCAGTTTCCGAGCTACAAACAAGCTATAAAGTTTAGAAAAATNNTTTAGAAATGTACAAACAAAGTCTAGTAATACATTGCTAAAGATAAATCAATACTCAATAAGT 1 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR444 2e-118 ssp-MIR444b 5e-23 -73.4 .((.((((((((.((((((((.((((((((((((((((((((....((.((((..((((((........((((((.(((((.((..(((((((((..............))))..)))))......))...)))))..)))).)).......)))))).)))).)).......)))))))))))))))))))).)))))))).)))))))).)) (-73.4)