mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTGTCTCAAGCTTGCTGCC TGACGAGCTAGAGGCAGCAAC TTGATGCAAGGAGCGGTGACGAGCTAGAGGCAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATTGGTTTTCGAACCATACCGATAATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAA TCGGCAATCGCTGCACGCCTGCACCCTGCCTCAACTTATCTAGCTCACCCGCATCCCTGCTCGGCACTGCCTTGTGCCTTCTCCTCGCACTTCCCTTCTTCTTGTATCTAGCCCCCCTTCATCACAATCCACCGGCAGCGGCGCGCCGTCGTCTCAGATTGATGCAAGGAGCGGTGACGAGCTAGAGGCAGCAACTGCATATCTTGCAAGAAAATTGGTTTTCGAACCATACCGATAATTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGTCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAACTATGAAGAAACAGGTTATGTTATCAATGAACACATTGGCACAGATTTTAACTGATATATGTTGGTAAGACATGACGTTTAGTTGGAATCTTGCAGCATGATACACAATTACACACAGCAGCTCTTAGGTACTTCATTCATACCAAATTATAAGATGTTTTAGGTATTATGAGGTGCTTTGGGTTTTCTAGATACATTGATTTTACTACGCATCTAGACATGGTATGGTATATATCTAAGTGCATGGCAAAAATTAATGTCTAGAAAAGCCAAAACATCTTATAAATTGGAAT 2 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR444 6e-65 ssp-MIR444c 3e-54 -63.6 .....((((((...((((.((((((.(((((((((((((((((.((((((((((((((((((....)))))........))))))))))))).))))))))))))))))).)))))).))))...)))))).... (-63.6)