mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CCCGCCTTGCATCAACTGAAT GATTCAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTGGCTAGTTTTTTTTTGAAATTTTTTGACAGCGAGGTGGCGTGTTGTAATTGGTCGTCACGTTTAAATTAATGATTGAAAAAAATGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGAGGTGAGAGATTG CACGCGTCCGCTTCAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAATCATTTTTCTGTGCTACATAGTGTGTTAATAATATATTGGTGAAGTGATGGTTTACGTGAAGGAGCTGATGAATGATGATTCAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTGGCTAGTTTTTTTTTGAAATTTTTTGACAGCGAGGTGGCGTGTTGTAATTGGTCGTCACGTTTAAATTAATGATTGAAAAAAATGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGAGGTGAGAGATTGGATGGATATTTACCTTTCGCCGTTCAGATCTCAGGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGAAAAAAATAATTGATTTAATTAAATTACTTATGAATTTACGATTTTGCTTTTGCTCTATCTGATTCGTTGATCTAATTATAGATCTCACTGCAGTGTATATAACATTTAATGCAAAAATATTTATTCGATTTTTAAGTGAGGTTTTTTCATTTTTAATTTTGTTCAAATTCGATGTAAAGAATTATGAGCTTCTAGTAACAGCTAATTAGCTGCCAATAGATGTAGTGAATCGTTTGGTATCTTTGGATATAATATGTAAGGGTATTCGGGGGTCTGGTGCGGGTGGAGGAGGCTCCGTGGATTGGGTCCGAGTCCCGGAATGCCCAGAAATCCAACCGGGGGGCGAGGTTGGGCCCCGGGTATGCTTTCCCTTGTGAGGTCTCCGTTGGAGCAGGAGCATCGGTGCGGTCACGCCCAGGACGATGCTGGCGCGCCGCAGGGGCCCCCGGGGGTGGTGCGGGTCGGCCCGCCCCGCCCTCCCA 3 0 5' arm Citrus_reticulata mirnest MIR168 5e-20 crt-MIR168 7e-56 -66.1 .......(((((..((((((((.(((((.((((((((((.(((((.((((((.((....((((((((((.(((.(((((..(((.((((((............)))))).))))))))..)))..)))))))))).)).)))))).))))).)))))))))).))))).)))))))).)))))....... (-66.1)