mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTCCTCTCATTCCAATGA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG AGATGCTTTGGATTTGAAGCGGAGCTCCTCTCATTCCAATGAAGGGTCCTTCCGAAGGGTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCCATGCTTGTGTGTCTTCGAGAGGAAGCGGAAGAGATTCCTGTGGTCGCCTTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGACCCCGTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCACCCCCC GGTCCGNATTCACCGCTCGACCCCGCGTCCGCCCATATTCCCCTTTCCATAAAGCTCCCCATCTCGTCGTCTTCCTATTCTACATCTGCTGTGTTTTTTATATTATTATTATTATATCATTTCTGCTACGTATTTTTTTCCTTTTTTTGCTCCTCTAGTCGTCCCTGCGATAGTTTACGGTGTTCTGCACATAGATCTCATGTCCGGTTTTGCTTCTTTCTCGCGTTTCTCGGCCGTGGTCTGGTCTGGTCTGTTCTTGTCTCTGGCCACAAACAGGCAGATGCTTTGGATTTGAAGCGGAGCTCCTCTCATTCCAATGAAGGGTCCTTCCGAAGGGTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCCATGCTTGTGTGTCTTCGAGAGGAAGCGGAAGAGATTCCTGTGGTCGCCTTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGACCCCGTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCACCCCCCATGCTTGCCTTGCTGCATCCGTCGTCCTCGGTCCATGAGATCTGAGGCTCATGTAGCCGATGAGTCCTTTTTTTTTTCTCTTCCTGCTGTTTCTCCAAGATTCAAGTTGGCTGGCCGTGCTTATCCGTGCAGGAGCTGAAGCAGGTTTCTGCCTTGTTGGTGGTGATGGTATCTATCGGTACCCGTACTTTGCGTCGCTTTATTCCCATCTTTGCTGGTGAGGTGCTGTGTCANTGTTGTCACACTCGNTTATTTTGGTCTCATATTCTTCGGGTTCCTTGTTCGTACCGGCGGCGCGTGCATTTTGCGGTGGGGCTCCTGNAT 3 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR159 5e-61 zma-MIR159f 2e-115 -90.5 ........((((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((.((...((..(((((((...(((.((((.(((((....((((...(((((((((.(((((((........(((....))))))((((....)))).))))........)))))))))...))))....))))).)))).)))...))).))))..))..))))..)).))))).))).))))))))))).))..))))))...... (-90.5)