mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCAAGATGTCGGAATAGCTG GCTATGCCTCATCTAGTCAAT CAAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAGCACAGCGGATCGAGCCTTTGATCGTCCGAAAAAATGTGAATATTTTTTAAAAGCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG 3 1 5' arm Drosophila_yakuba mirbase mir-31 1e-56 der-mir-31b 8e-61 -37.21 (((((((((...(((((.(((((..((.(((((((....((((.((((.(((........)))))))......))))...............))))))).)).))))).)))))...))))).)))) (-37.21)