mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG CGATGCTTTGGGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCGTTCCGAAGGGCTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTGTATATATGTATTCCATGGGGGAGGGTTTCTCTCTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCACCCCTC CAAAGCAAGGGCCGAATAGTATAGGCCAGTTCCCTCACTCCCCAGATTCCCCTTTTCATAGCTCTATATACCTCTCCTTCTCGTCGTCTCTCTATCCCGCATCTGCTGTTCTTTATTTCTATACATATATACTATCCTCGGTTATTTGCTTCTCTATTCTGTCCGAGTACTTTACGGTGTTCCGCACATAGATCTCGTGGCCGGCGGTGTTGCGCTTTCGCTTGCGTTTCTTGGCCCTGCTGGTGTTTGACCGGTCCGAACGGGGGCAGATCGATGCTTTGGGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCGTTCCGAAGGGCTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTGTATATATGTATTCCATGGGGGAGGGTTTCTCTCTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCACCCCTCCATTTTTTTTGCTTGTTGCGTCCTTCCTGGGACCTGAGATCTGAGGCGCGTGGTGGCTCACTGTAGCCTCGCTACACAGTTTTCTTCTCCTCTCCTCTCCTGTGCTATTTGCTGTTTCTCCTAAGATTCTTTAGGCCGTGCTTATCCGTGCTGGAGTTTAACGAAGCAGCAGGTTGCTGCTGCTGGTGCTGCCCTCATGCCCTGGTGGTGGACTGGTATCGGTACCCGTACTTGCGTCGCTTTATTA 3 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR159 1e-110 zma-MIR159a 2e-124 -93.3 ........((((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..(((((...(((.(((.((((...(((.((((.(((((....((((...((((((((((((((...((((....))))..)))))(((((((...))))))).....)))))))))...))))....))))).)))).)))...)))).))).))).)))))..)).))))).))).))))))))))).))..))))))...... (-93.3)