mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCATGTCGATTTCATTTCATG TAATTAGCGGAGCA CGGTCATGTCGTAATTAGCGGAGCACGGCGTTGCCGGCGATAATTAATGACGGTGGTCACGTTGGTTTCATGTCGATTTCATTTCATGACACGGCC 2 9 3' arm Drosophila_yakuba mirbase mir-288 3e-41 dse-mir-288 3e-47 -30.51 .((((.(((((((((..(((((((.((((((.((((.((.((.....)).)).)))).)))))))))))..))..))).......)))))).)))) (-30.51)