mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG CGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCGTTCCGAAGGGCTGGATCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATATATGTAATCCATGTGGGAGGGTTTCTCTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGA GCAAAGCAAAGGGCCGAATAGTATATTAATATAGGCCAGTTCCCTCTCTCCCCAGATTCCCCTTTTCATAGCACCTCTATAGCTCTTCTTCTCGTCGTCACTCTATCCCGCATGTGCTGTTCTGTTATTTCTATACATACGTATATACTATCATCGGTTATTTGCTTCTCTATTCTGTCCGAGTACTTTAGGGTGTTACGCAGATAAATCTCGTGGCCGGCTGTTTTGCGCTTTCGCTTGCGTTTCTTGGCCCTGCTGGTGTTGACCGGTCCGAACGGGGGCAGATCGATGCTTTGCGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCGTTCCGAAGGGCTGGATCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATATATGTAATCCATGTGGGAGGGTTTCTCTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCACCCCTCCATTTTTTTTTGCTTGTTGCGTCCTTCCTGGGACCTG 3 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR159 5e-104 zma-MIR159a 3e-120 -81.8 .....((.(((((((((((.(((.(((((.((..(((((...(((.(((.(((....(((.((((.(((((....((((...((((((((((((((((.((.......)).)))))))(((((...))))).....)))))))))...))))....))))).)))).)))....))).))).))).)))))..)).))))).))).))))))))))).)).... (-81.8)