mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAACACAGCTGGTGGTATCCAGT TGGGATACACCCTGTGCTCGCT ATGCAACTGCCATTGGGATACACCCTGTGCTCGCTTTGAATGAAATGCAAGCAAGTGAACACAGCTGGTGGTATCCAGTGGCCGTTTGGCGT 4 2 3' arm Drosophila_yakuba mirbase mir-317 2e-45 der-mir-317 3e-47 -38.2 ((((.((.(((((((((...(((((((((.((((((.(..((.....))..))))))).)))))..))))...))))))))).))...)))) (-38.20)