mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGA GATGCTTTGGGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGNNCGTTCCGAAGGGCTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATATATGTAATCCATTGGGGGGAGGGTTTCTCTCGTCTTTGAGATNAGGNTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCACCCCT ATGAACAGCAAAGCAGCGGCCGAATAGTATAGGCCTGTTCCCTCACTCCCCAGATTCCCCTTTTCATAGCTCTATATACCTCTCCTTCTCGTCGTCTCTCTATCCCGCATCTGCTGTTCTTTATTTCTATACATACATATATACTATCACCGGTTATTTGCTTCTCTATTCTGTCCGAGTACTTTACGGTGTTCCGCACATAGATCTCGTGGGCCGGCGGTTTTGCGCTTTCGCTTGCGTTTCTTGGCCCTGCTGGTGTTTGACCGGACCGAACGGGGGCAGATCGATGCTTTGGGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGNNCGTTCCGAAGGGCTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATATATGTAATCCATTGGGGGGAGGGTTTCTCTCGTCTTTGAGATNAGGNTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCACCCCTCCATTTTTTTTTTGTTGGTGGGNCCTTCCTGGGGACTGAAATCTGGAGGTTCGGGGGGG 3 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR159 5e-95 zma-MIR159a 5e-119 -83.1 .......((((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((..((...(((.(((.((((...(((.((((.(((((....((((.(.(((.(((((.......................((((((((....))))))))....)))))..)))..)))))....))))).)))).)))...)))).))).))).)).))..)).))))).))).))))))))))).))..))))))..... (-83.1)