mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG CGATGCTTTGGGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGNNCGTTCCGAAGGGCTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATATATGTAATCCATTGGGGGGAGGGTTTCTCTCGTCTTTGAGATNAGGNTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCACCCCTC ATGAACAGCAAAGCAGCGGCCGAATAGTATAGGCCTGTTCCCTCACTCCCCAGATTCCCCTTTTCATAGCTCTATATACCTCTCCTTCTCGTCGTCTCTCTATCCCGCATCTGCTGTTCTTTATTTCTATACATACATATATACTATCACCGGTTATTTGCTTCTCTATTCTGTCCGAGTACTTTACGGTGTTCCGCACATAGATCTCGTGGGCCGGCGGTTTTGCGCTTTCGCTTGCGTTTCTTGGCCCTGCTGGTGTTTGACCGGACCGAACGGGGGCAGATCGATGCTTTGGGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGNNCGTTCCGAAGGGCTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATATATGTAATCCATTGGGGGGAGGGTTTCTCTCGTCTTTGAGATNAGGNTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCACCCCTCCATTTTTTTTTTGTTGGTGGGNCCTTCCTGGGGACTGAAATCTGGAGGTTCGGGGGGG 3 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR159 5e-95 zma-MIR159a 3e-120 -83.1 ........((((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((..((...(((.(((.((((...(((.((((.(((((....((((.(.(((.(((((.......................((((((((....))))))))....)))))..)))..)))))....))))).)))).)))...)))).))).))).)).))..)).))))).))).))))))))))).))..))))))...... (-83.1)