mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTATCATTCCAATGAAG GTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCGTACCGAAGGGCCGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATATATGTATGTATTCCATGGGGGGAGGGTTTCTCTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCTTTGCTGCCGCTCTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTG ATCCCGCATCTGCTGTTCTTTATTTCTATACATACATATATACTATCACCGGTTATTTGCTTCTCTATTCTGTCCGAGTACTTTACGGTGTTCCGCACATAGATCTCGTGGCCGGCGGTTTTGCGCTTTCGCTTGCGTTTCTTGGCCCTGCTGGTGTTTGACCGGACCGAACGGGGGCAGATCGATGCTTTGGGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCGTACCGAAGGGCCGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATATATGTATGTATTCCATGGGGGGAGGGTTTCTCTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCTTTGCTGCCGCTCTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCACCCCTCCATTTTTTTTTGCTTGGTGCGTCCTTCTGGGGACCTGAGATCGAAGGCTCGTGGTGGCTCACTGTAGCCTCGCTACACTGTTTTCTCTCTCTCTGGGGCTATTTGCTGTTCTCT 2 2 3' arm Zea_mays mirnest MIR159 5e-110 zma-MIR159a 6e-94 -93.4 ....((.(((((((((((.(((.((((..(((((((.(((.(((((((.((((...(((.((((.(((((....((((...((((((((((((((.((((((....))))))..))))).((((((...)))))).....)))))))))...))))....))))).)))).)))...)))).))))))).))).))))))))))).))).))))))))))).))... (-93.4)