mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGATTCAAGGGAGCTCCTC AGAGCTCCCTTCGATCCAATC CGATCGATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGAAGTGGTCGGCTGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTCTCTGGTGCAGCAATGGCCGAGATGCTCACCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGACGAACCCACCATCATCTTTCCCTCGTGCTTGGATTCAAGGGAGCTCCTCTCTGTCTC ACAACTCCATAGCTAGTTCATGTGCGCCTCTACAAGCTAGCAAAGACGAGTGAGTTTATCATGCTATGGGAAGAATGGATGGAGAGCCATGAGGAGGAAGAAGAAGATGCCGATCGATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGAAGTGGTCGGCTGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTCTCTGGTGCAGCAATGGCCGAGATGCTCACCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGACGAACCCACCATCATCTTTCCCTCGTGCTTGGATTCAAGGGAGCTCCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCATTTCCATAAATTATATAT 2 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR159 5e-79 zma-MIR159d 5e-100 -78.4 .(((.((..((.((((((((((.(((((((..((.(((((((((((((.((.((...((.((((.(((((.((((((....(((((((....(((......)))...))))))).....)))))).))))).)))).)).))..)).))))....))))))))).)).))))))).)))))))))).)))).))).. (-78.4)