mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATCCTGGCACCACCCGGCG CCGGGTGGTGATAGGATCTCG TTCTGGTCCCGAGATCCTGGCACCACCCGGCGGCCGGGCTCCACCTGCTGCAGGGGTGGACGGTGGTCATGTCCGCCGCCGCCGCCGCCTCTGCCCCTCTGCCACCGGGTGGTGATAGGATCTCGTGAAGGAG ACCCCACCACCACCAAGCACCTGGGTCGGCCGCCGACAAGCCGCCAGCGCCGGCGGGGGGAGGAGGAGGCAGCAGCTGCAGGGCCACCACCACCACCACCAGGGCAGCAGGAGGAAGAAGCGGTACGAGAAGATGGGCGGCCCGGGCGCGGGCGCGGCGGCGGACGCGGACGCCGCAGCAGCAGAGGGCGGCGTTGGCGGCGTGGCCGTGGAGAAGGAGTCCTCCGACCCGCGCGCCGACTTCCGGGAGAGCATGACGCAGATGGTCCTGGAGATGGGGCTGTGCGGCTGGGACGACCTGCGCTGCATGCTCCGCCGCCTGCTCGCGCTCAACGCGCCCCGCCACCACGCCGCCATCCTCGCCGCCTTCGCCGAGGTCTGCGCGCAGCTCACCACCGCGGCCCCGCCGTACCACGCCGCCGCCTACGACTACGACTACCACTACCACTACTGAAAAATAAATAAATAAATAAACACGGGTGGCCTGGCTGGGCTCCGTCTTCTGGTCCCGAGATCCTGGCACCACCCGGCGGCCGGGCTCCACCTGCTGCAGGGGTGGACGGTGGTCATGTCCGCCGCCGCCGCCGCCTCTGCCCCTCTGCCACCGGGTGGTGATAGGATCTCGTGAAGGAGAGATTAAACCACCACCTTATTACTGTTAGCTTCACCAGGTGTTATCAGTGTGTGTATGTCCAGTACCAGTACGACCAGGTGTCCACCGTCCAGGTCGTCCTTGTAGTGTAGCCGTAGCCGTAGCCGTAGTGCGTGCTTTGCGAGCTCGTCTTTNTCTTGGGTTTCTTCCGTGCTTGCTTTGTTTGCTAGCTAGCTTCTCGCTGGTCCTACCTACTGTATGTCTCGCAGCATAGCAGTGTGAGTGTGTG 2 0 5' arm Zea_mays mirnest 100 100 -73.9 .(((..((.((((((((((.((((((((((.(((.(((...........((((((((((.(((((((..........))))))))))))))))))))...))).)))))))))).)))))))))).)).))). (-73.9)