mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAAAGCTAGATTCACCAAAG TTGGTGATCTAACTTATGA AATACGTCTACTTTATATTTCTTTGGTGATCTAACTTATGATTAACTTTATAAGTCATAAAGCTAGATTCACCAAAGAAATATGTGGTTGGCA 1 2 3' arm Tribolium_castaneum mirbase 100 tca-mir-9d 7e-48 -36.4 .....(((.(((.((((((((((((((((((((.(((((((((.........)))))).))).)))).)))))))))))))))).))).))). (-36.40)