mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCACCAAGTGAAT CTCGCTTGGTGCAGATCGGGAC CCGCCTCGGGCTCGCTTGGTGCAGATCGGGACCCGCCGCCCGGCCGACGGGACGGATCCCGCCTTGCACCAAGTGAATCGGAGCC GACAGGTTCGCGCGGAGGGAAGGAGGGAGAAGAAGCGAAGCCGCGCCGCCTCGGGCTCGCTTGGTGCAGATCGGGACCCGCCGCCCGGCCGACGGGACGGATCCCGCCTTGCACCAAGTGAATCGGAGCCGGCGGAGCGATACAGCGGCCGGCCGACCGCCGCCTGCTTGCCTGCGCGCGCTGCTCTCGACTGCGGATGCCGCCCTCGGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTCTTTCTGATAAGGATCGTGCTGATTGCTGTGACTCCGTGTCGCCGCCCGTGGGAATTGTTATTAGGCGCCGTGGGGATCTCTGCTCTAGGTTAGAGTAAGCAGTCCGGATCTGGATCTGGCGCGGGTCCAAATTTCTAACCTCTGGTGAGACATCTCCGTTTTTGTGGTGCGGGGTGCAAAATTTGCCGGTCATGATGCCACTCGGATGGATCACGGGGAAACCATGCCTAGGTGGATTATTGGTTCGGCTTCTTTTACCGCTAGCCTACCACGGGCTCACATTGGTTGTAGGTTTTGTCTTAGATTTGGCTCGCCCAACTGTAGGACGACCGTTGATTGGTCTACTTGTGTAGGTAGATTGCTTGGTAGAGGGGACTCCTTTTTTTCTCTCAAGAAACTACGCCGGACTTCCCCTGTTACATGCGGCCTCCTGTGTATGTGAGGTGATGCGAGTGGAGTCCTTGATGAACACTAGAGGCTAGAAATCCAGTGATTAGGTGTCCAGGAATATATGCTCGGGGATCAAGTCAAGAGGAGGTGGGGAAGAGACAAAGTAGCCGATTGGCCGCACTAGTTGGCCCTCCATCCATGGCTGGCGTTTGAACCTGCTCCAGGAAAAGCGGATTCCCTCCCCTCCATGCTCCACTCCACTCCACTCCATATAGCTGCTGAGCTGGGGCTGATGTGATTTTTTTTTACTTTTTTTTGTAGCGGTTATATTCCGCTAAAGCCACGACTGCCGCCGAGGAGAACATGTTTTGAAAAGCTGTCGAGGAATATAAATTGCGTACCTGGGGTCCTGGTCCTGGATTGATGGCTTGATGAATGGATGAGCAGAAGCAGAGCGAGGTGGGAGATTCCAGCTTTGGGTTTTGCTGACAGAGGTCCAGCTAGCTTGATGAGAACCTCACAGGCTGCTATGGCTTCACACTGCTGAATTTTACTCGGATTCGAGTCTGTGCTCCTCCTTTTGTTTTTCCCAGT 3 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR168 7e-42 zma-MIR168a 4e-43 -46 ..((.((((..(((((((((((((..(((((.(((...((((.....)))).))).)))))..))))))))))))).)))).)). (-46)