mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGGAAGACAGTTGCGGCGGA CGTTCGCTGCATTCCCAGCC ATGTGGTGGAACGATACGATGGTGAGTGGGGGCGCAGGGACATGGGGGCGCCACATGGGGTCGGGAAGACAGTTGCGGCGGATTTCGTTTTTTCAAGTCCGTTCGCTGCATTCCCAGCCCGGTGTCGTGCCGAGGCAGCAAGGGGGCGCTCAGGCTAGGAGGTTGTTTACA 4 2 5' arm Tribolium_castaneum mirbase 100 tca-mir-3049 4e-94 -64.34 .....(((.((((((....((((...((((.((.(...(.......(((((.((((.((((.(((((..((((...(((((((((.(......)))))))))).))))..))))).)))).)))).))))).......)....).)).)))).))))....))))))))). (-64.34)