mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCTCCTATCATTCCAATGA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCGTTCCGAAGGGCTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATGCATGTATTCCATGGGGAGGGTTTCTCTCTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGG AACCCATGAACAGCAAAGCAAGGGCCGAATAGTATAGGCCAGTTCCCTCACTCCCCAGATTCCCCTTTTCATAGCACCTCTATACCTCTTCTTCTCGTCGTCACTCTATCCCGCATCTGCTGTTCTTTATTTCTATACATAAATATATACTATCACCGGTTATTTGCTTCTCTATTCTGTCCGAGTACTTTACGGTGTTCCGCACATAGATCTCGTGGCCGGCGGTTTTGCGCTTTCGCTTGCGTTTCTTGGCCCTGCTGGTGTTTGACCGGACCGAACGGGGGCAGATCGATGGTTTGGGTTTGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGTCGTTCCGAAGGGCTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTGTATGCATGTATTCCATGGGGAGGGTTTCTCTCTCGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGCCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGGTCCACCCCTCCATTTTTTTTTGCTTGTTGTGTCCTTCCTGGGACCTGAGATCTGAGGCTCGTGGTGGCTCACTGTAGCCTCGCTACACAGTTTTCTTCTCCTCTTCTCTCCTCT 3 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR159 1e-98 zma-MIR159a 1e-107 -86.1 .....((.(((((((((((.(((.(((((.((..(((((...(((.(((.((((...(((.((((.(((((....((((...(((((((((.((((.((((....))))..))))(((((((...))))))).....)))))))))...))))....))))).)))).)))...)))).))).))).)))))..)).))))).))).))))))))))).)).... (-86.1)