mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGCGAGTTGGCCCGCTTGC AAGCGGGTCAACCCGTGAACC GAAAGGAAAGACTTAGGGTTGCAAGCGGGTCAACCCGTGAACCCGCTTATAGGCAAAATTAGTAGGTAACCCGTATAAATGAGTTTATGGATCGACCCACTTGCATCTCTAAGTGCGGCAAATCGGACCACGACGTGAAAACACACGGGTTATCACTTATTTTACATATAAGTAGGTTTGCGAGTTGGCCCGCTTGCATCCCTAGATGCCGTCTTA TACGGCCGGGTCCGTTCGTCTACTGCCGCCCCACCGACGCCCTCTCCCCGCATCTCCTCTTAGCTCGATCGGCTTGCTAGCTCCTCGGCCATGTGCTCTAATGGCGATTTCTCGGTTTGTTCGCAGGTGAGAGCGCTCTCCTGAGGCCTGAGGGCGGCCTTCGACGGGAACCTCGGACGCCTCAAAGGTTTTATAAAGAGCCTTGGGATTCAGAAAGGAAAGACTTAGGGTTGCAAGCGGGTCAACCCGTGAACCCGCTTATAGGCAAAATTAGTAGGTAACCCGTATAAATGAGTTTATGGATCGACCCACTTGCATCTCTAAGTGCGGCAAATCGGACCACGACGTGAAAACACACGGGTTATCACTTATTTTACATATAAGTAGGTTTGCGAGTTGGCCCGCTTGCATCCCTAGATGCCGTCTTAGCTCTTAACAAGCATGGGATTGGGGTGCTGCACGCCGCGGCATGCCAGGGCCATCTGAATGTTTGCAAGTTCTTGATCATAGTGGTGATGTAACAAAAGCAGATGTTAGAGGATGCACAGTTCTCCACCATGCTGCTGGCGCAGGATGCTGTAAGGTAACAGAGTTCTTGCTTTCAAAAGGAATACCTGTTGACATAGACTG 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR1431 7e-121 -83.1 .......(((((((((((.(((((((((((((((.((((((((.(((((((...(((((.(((.((((((((((........(((..(((.((((((((((((......)))))).))....)))).))).)))..........))))))))))))).)))))...))))))).)))))))).))))))))))))))).)))))).....))))). (-83.1)