mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCTTTAGGGATCTTTAATTTCTCGG GAGTTTAAATTATGTTGAGTCTTTCCGATAGCGAT ACGCAGACTCTTCGAGTTTAAATTATGTTGAGTCTTTCCGATAGCGATCTTTGCTTTAGGGATCTTTAATTTCTCGGATGTCTTTTC 4 9 3' arm Tribolium_castaneum mirbase 100 tca-mir-3881 3e-44 -19.2 ....((((..((((((...((((((....(((...((((...(((((...)))))...)))).))))))))))))))).)))).... (-19.20)