mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGTGACGTAGTTAAGGTTA TGCTTTGAATGTCACGCC GGAAAATTTCGCTGTGCTTTGAATGTCACGCCGATAAAAATAATTTTTGTATATTGAATAAATGAGATACGAAAAAATTCAATTTCCGCGTGACGTAGTTAAGGTTAGCGTGAAGTATCAC 0 3 3' arm Tribolium_castaneum mirbase 100 tca-mir-3888 2e-64 -32.27 .((...((((((((.((((((((((((((((.((.........(((((((((.((........)).))))))))).........)).)))))))))..)))))))))))).)))...)).. (-32.27)