mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCCGGTTATGTACGGCTG GCTGTATCTGCGGAACTTTAGTTAC CACCCTGTAGTTATAACATGGGATCGAAAATATACTGAATTAGAGCAGCTGTATCTGCGGAACTTTAGTTACATTTTAGCCGGTTATGTACGGCTGCACTTTTAAAGTTATGTTGTCTTATGTTGGTTTTACACACAT 3 6 3' arm Tribolium_castaneum mirbase 100 tca-mir-3890 2e-74 -36.2 .....(((((...(((((((((((....((((((((.....((.((((((((((......((((...((((.....)))).))))..)))))))))).)).....)).)))))))))))))))))...)))))..... (-36.20)