mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATTTATATTTCAATTACGT ATTTTGATTTTATGAGTCAA CTTATGTGCTAAGCATTTTGATTTTATGAGTCAAAAATCTAATAAAACGATATTTGTAATAAATTGACTTCGTTATCTTTGTATTTTTTATTATTTTTTCATTTATATTTCAATTACGTTTTCACTAAAT 6 2 3' arm Tribolium_castaneum mirbase 100 tca-mir-3901 4e-38 -18 .....(((..((((...((((...(((((((.(((((..((((((((.(((((..((((..((.....))..))))....))))))))))))).))))).)))))))..))))....)))).)))..... (-18.00)