mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGATATTATTAATAAGTG CTTATTTAAAAATAATGTTTTAATTTTT ATAAAATCATTAGTTATCTTAAAAGATATTATTAATAAGTGCTGTAATCTATTTAAGCTCATTAATAGAAATGACTTATTTAAAAATAATGTTTTAATTTTTGGTGTGACTGTGATAAACA 1 9 5' arm Tribolium_castaneum mirbase 100 tca-mir-3904 2e-64 -20.5 .....(((((.((((((.((((((((((((((((((((((.(.....((((((..........))))))...))))))))....))))))))).....)))))).)))))))))))..... (-20.50)