mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTGGGACAGAGGGAGTAAT TACTTCCTCTGTCCCAAAATA AGTTTTATGTGTTTACTTCCTCTGTCCCAAAATATAGCAACCTAGGACTCTGTCTAGATATGTTGTTCTAGGTGGTGTCCCATCTAGTCGTTCTATGTTGCTATATTCTGGGACAGAGGGAGTAATATATATTAAT TATTTTTTCCCCTTCTGTGTAGTATGTGCTACCCCCTCCGTTGAATAAATAAAGTGTATATTGTGTCTCCAACATAACAACTTGACAATAGTTTTATAACCTGATGTAACCAAAGGAAGGAATATATGGAAACATCTATCAAGACAGATAATGATATATTTTTATACAGTTTTATGTGTTTACTTCCTCTGTCCCAAAATATAGCAACCTAGGACTCTGTCTAGATATGTTGTTCTAGGTGGTGTCCCATCTAGTCGTTCTATGTTGCTATATTCTGGGACAGAGGGAGTAATATATATTAATGGCCTCTAGATCCCAAGTAAGTTACATTCTGGAACAGAGACATAACGAGGGGCAGACGAATCATGCATGAATCTTAGAGGACCTGCTTGCATTGTACCTTACTGCATGCATGCATGCTTCAATATATATCCATCAAATGAAGAGTCTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 6e-62 100 -55.2 .....((((((((.(((((((((((((((.(((((((((((.((((((...................((((((((....))))))))..)))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))))..... (-55.2)