mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTCCCCTTCAACCAGCTA CCTGGTTGTAGTCGAACCAAAT TTGATTGGACAAGGTATGCTATGACGGACATTTACATACCTGGTTGTAGTCGAACCAAATTGTTATATTTTTAAAATCAATTGGTCCCCTTCAACCAGCTATGTTTCTCCTCCTGTAAACATCTAGTTAA 4 1 3' arm Brugia_malayi mirbase mir-133 8e-46 aae-mir-133 0.000006 -33.16 .((((((((....((.(((...((.(((.....(((((.(((((((.((..((.((((.(((...............)))))))))..)).))))))).)))))...)))))..))).)).)))))))). (-33.16)