mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTAGGACAGAGGGAGTAGG TACTTCCTCTATCCCAAAATA TTTCCCTACTTGTACTTCCTCTATCCCAAAATAAACCAACCTCATACCGGATGTGACATATCCTAGTGCGATGAATCGAGCCACCATTGTGTCCAGATTCATTATAAGAGGATGTGTTAAATCCCGTACGAGTTTGGTTTATTTTAGGACAGAGGGAGTAGGTGGTAGCCT TATAAGGATCATCTCCACGATGTATAACGACCGCTCAAGAGGCTTAAGGCCCCCCTTATTTTTACATTGTGCATGCCCTCATGGGTGATGGAACACGTCGGCGTCCTAGGATAATACATAGTACTGCCGATATGATTTTCTTTAAAGAAGACTATACGGAAGGTAATGTAATCACGATGTCAGCATCATATCGTAGATACCGGATATGATACATTTAAAATCAAAGAAGTATTTCGTAGATATTATGCACATCATGATACCTTCATGATGATGTCGACATAGTCCTATAGATACATAGGTATCCAGATCTAGTATTCTAAAGTATCATGCTGACATCAGCATGATACTGTATATGTCAGATCCGTATCGGATATGATATCTTGTAGGTATCGGATCTGATATTTACGCACCATGCTAACATATTACGACGTCAGCTATTCCGTAGAATGGTGTTACCGATTTGTAGTATTTTTGTTTTTTTCCCTACTTGTACTTCCTCTATCCCAAAATAAACCAACCTCATACCGGATGTGACATATCCTAGTGCGATGAATCGAGCCACCATTGTGTCCAGATTCATTATAAGAGGATGTGTTAAATCCCGTACGAGTTTGGTTTATTTTAGGACAGAGGGAGTAGGTGGTAGCCTTTTCCCTTTTTTGTTTTTGCTAAATTTTGCTATAGAACAACATGGCTTTGTG 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000000000002 osa-MIR1862b 0.000000009 -71.9 .....(((((..((((((((((.(((.((((((((((((.(((.(((.((((.(((((((((((..((.((((((((....(((....)))....)))))))).))..))))))))))).)))).))).))).)))))))))))).))).))))))))))...)))))... (-71.9)