mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATGGAATTGCTCTCTTTA AAGAGAGCCATCTGTTGACAGT GGTGAACGCAGACGACAAAGAGAGCCATCTGTTGACAGTCATATATTGCAACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTACATGCCTGTGTTCTAAG 3 2 3' arm Brugia_malayi mirbase mir-46 4e-31 aae-mir-281 0.000001 -34.6 ...((((((((.((..(((((((((..(((((.((((((((.....))..)))))))))))...)))))))))...)).)))))))).... (-34.60)