mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATGTGGGAAA TCCCACATTTATATTGATGTT ATTATACTCCCTCCGTTTCACAATATAAGTCATTGTAGTATTTCCCACATTTATATTGATGTTAATGAAACTTAAATAGATGTAGTTTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAAATAATAGAATGACTTATATTGTGAAACGGAGGAAGTAGAA GCGTACCATGACAATGGACGACAAATTTATCAGAATTCAGGAATTNGGTATGCCCCGACGAAGATGAAGCTGTAGGTAGAATCATCAGTTGCACACAGGAAGAATGTGTCTCTGTGTCAGAGAAGGTTGTGCGGTACTGAAGAAGTGGAGATGATTATGTATTATACTCCCTCCGTTTCACAATATAAGTCATTGTAGTATTTCCCACATTTATATTGATGTTAATGAAACTTAAATAGATGTAGTTTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAAATAATAGAATGACTTATATTGTGAAACGGAGGAAGTAGAAGATTTATAACTTGGTGAGAAAACGTTAATCGTATTGTTCGTGTATCCAAAACATAAATTTTAAGAAAATATTATCTCGTTCAGATT 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 5e-69 osa-MIR809d 4e-35 -86.5 ....((((.(((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((((((((((((((((((...........)))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))))))))))))))))))))))).))))... (-86.5)